12 juillet 1806 :	Création de la Confédération du Rhin par Napoléon
6 août 1806 :	Disparition du Saint-Empire Romain Germanique au profit de la Confédération
7 juillet 1807 :	Traité de Tilsit : la Confédération gagne de nouveaux territoires comme le Hanovre et la Westphalie
19 octobre 1813 :	Défaite française de Leipzig; la France perd ses positions en Allemagne
30 mai 1814 :	Le traité de Paris met fin à la Confédération

La bataille d'Austerlitz le 2 décembre 1805 se solde par une défaite écrasante de la Russie et du Saint-Empire Romain Germanique. François II, empereur du Saint-Empire, demande une paix humiliante à Presbourg le 26 décembre : le pays perd une grande partie de ses territoires en Italie, comme la Dalmatie et l'Istrie, et ses positions en Allemagne. Napoléon les regroupe dans la Confédération le 12 juillet 1806. Le Saint-Empire Romain est disloqué le 6 août 1806; François II, Empereur du Saint-Empire, devient François Ier, Empereur d'Autriche.
16 états germanophones sont ainsi rassemblés et placés sous la protection de la France; parmi eux, la Hesse, le Mecklembourg, le duché de Nassau, d'Oldenbourg, ... En échange de leur adhésion à la Confédération du Rhin, les états allemands peuvent obtenir un rang supérieur : des duchés comme Clèves et Berg deviennent un Grand-Duché, gouverné par Murat; d'autres états sont purement et simplement transformés en principautés ou en royaumes. C'est le cas de la Saxe et de la Bavière par exemple, puis de la Westphalie sous le règne de Jérôme Bonaparte.

La présence française en Allemagne, à travers la Confédération, est intolérable pour la Prusse qui entre dans la quatrième coalition. Mais lorsqu'elle est écrasée à Iéna et Auerstaedt en octobre 1806, la Confédération s'agrandit en annexant des territoires prussiens comme le Hanovre et la Westphalie. Lors de l'établissement du blocus continental, les états allemands sont forcés de commercer avec la France à la place de l'Angleterre, d'après le décret de Berlin. En 1812, l'Empire entre en guerre avec la Russie; la Confédération prête près de 120 000 hommes à la Grande Armée pour former "l'Armée des Vingt Nations". Les soldats non-Français sont les premiers à déserter, et parmi eux, beaucoup appartiennent aux différents états de la Confédération.

Hélas pour Napoléon et l'Empire, la campagne s'avère vite un désastre et, lorsque la Prusse puis l'Autriche font volte-face et déclarent la guerre à l'Empire Français en 1813, certains états de la Confédération rejoignent la coalition et marchent contre leur allié d'hier. D'autres restent malgré tout fidèles à l'Empereur : c'est le cas par exemple de la Saxe, qui est le théâtre de la bataille de Dresde les 26-27 août. Pour l'anecdote, Frédéric-Auguste, le roi de Saxe, fut emprisonné par les alliés peu de temps après pour avoir refusé de se joindre à la coalition...

La Confédération disparaît véritablement après la défaite de Leipzig le 19 octobre 1813. La France est forcée d'abandonner ses territoires en Allemagne, territoires dont la Confédération du Rhin fait partie... Celle-ci disparaît véritablement en mai 1814, avec le Traité de Paris, qui proclame l'indépendance des états allemands.
À noter qu'après le Congrès de Vienne, tous les états de l'ex-Confédération du Rhin sont rattachés à la Confédération Germanique, dont l'Empereur d'Autriche François Ier est le président.