Appartenant à la dynastie des Habsbourg-Lorraine, le futur empereur François Ier d'Autriche naît à Florence en février 1768, un mois après Joseph Bonaparte, frère aîné de son futur adversaire, Napoléon. Le duché est à l'époque gouverné par le père de François, qui devient empereur du Saint-Empire sous le nom de Léopold II. A la mort de celui-ci, son fils François prend le 1er mars 1792 le nom de François II, empereur du Saint Empire, et roi de Bohême et de Hongrie. C'est ainsi que les révolutionnaires français désignent leur ennemi lorsqu'ils lui adressent une déclaration de guerre le 20 avril de la même année : le nouvel empereur accepte sans hésiter et avec une certaine satisfaction l'ouverture des hostilités. Neveu de Marie-Antoinette et farouche conservateur des idées de l'Ancien Régime, il a toutes les raisons de s'opposer à la jeune République Française en septembre 1792 et de rejoindre la première coalition.
Parallèlement, alors que ses armées s'élancent vers l'Ouest, il désire éteindre tout foyer révolutionnaire dans ses régions et déchaîne la censure et la répression, par le biais de la police. Les autres grands monarques de la contre-révolution (Frédéric-Guillaume III en Prusse et le Tsar Alexandre Ier) ont commencé leur règne avec des idées libérales, durcissant leur politique intérieure après la chute de Napoléon. François II, lui, se sera montré impitoyable dès son accession au trône...

Mais les choses ne se déroulent pas vraiment comme prévu sur le plan militaire. Les généraux et les soldats révolutionnaires ne bénéficient pas d'une grand expérience mais parviennent à repousser les troupes du Saint-Empire, battues par l'armée du Rhin au Nord (principalement aux Pays-Bas et en Allemagne) autant que dans les plaines d'Italie. Elles subissent bientôt revers sur revers. Le front Sud est particulièrement inquiétant : un certain général Bonaparte vient de forcer le Roi de Sardaigne à déposer les armes et triomphe impunément des armées des généraux autrichiens d'Argenteau, Alvintzy, Beaulieu, et Wurmser... Voilà maintenant que l'empereur en devenir remonte sur Vienne après une éclatante victoire à Rivoli, et plus personne ne peut lui barrer le chemin.
François II n'a plus le choix : il évacue la capitale par précaution et signe des préliminaires de paix à Leoben, le 18 avril 1797, puis le traité de Campoformio le 18 octobre.
Vaincu, il doit céder à la République Française ses territoires de Belgique et de la rive gauche du Rhin, mais acquiert la Vénétie.
C'est tout naturellement que le Saint-Empire tente de prendre sa revanche en rejoignant la deuxième coalition en 1798. Hélas pour François, ses armées sont à nouveau écrasées à Marengo par Bonaparte devenu Premier Consul, puis à Hohenlinden par le général Moreau. La fin des hostilités est signée une deuxième fois en 1801 à Lunéville. L'empereur aurait mieux fait d'accepter la paix que lui proposait Napoléon dès son accession au pouvoir...

Mais tous les espoirs d'une paix durable sont vite anéantis par l'entrée en guerre de l'Autriche dans la troisième coalition, après l'accession de Napoléon au trône d'Italie, le 26 mai 1805. La victoire de Napoléon à Austerlitz met un terme à la guerre et François II se voit contraint de signer la paix de Presbourg le 26 décembre, de nouveau humilié par les armées françaises. En juillet 1806, la création de la Confédération du Rhin par Napoléon entraîne le démembrement du Saint-Empire Germanique, créé en 962... C'est à ce moment-là que François II délaisse son titre d'empereur du Saint-Empire pour celui de premier Empereur d'Autriche, dont il s'était affublé depuis 1804 : il devient alors l'Empereur François Ier.
Comme la Prusse, le pays passe plusieurs années à ruminer sa défaite tout en préparant une revanche prochaine. Un regain d'ardeur vient secouer l'Autriche à la nouvelle de la reddition du général Dupont de l'Etang à Baylen, en Espagne, fin juillet 1808. La France n'est plus considérée comme invincible : François Ier profite de l'engagement de l'ennemi dans la péninsule et se hâte de former une ciqnuième coalition avec le Royaume-Uni en 1809. Pour la première fois depuis plus de dix ans, les "soldats à la crème" (le surnom que les grognards attribuaient aux Autrichiens) remportent quelques succès en freinant l'avancée de troupes napoléoniennes. Les corps de Lannes et Masséna piétinent à Essling et ne parviennent pas à franchir le Danube, défendu par l'Archiduc Charles, frère de l'empereur et meilleur stratège autrichien.

Mais ces "succès" tout relatifs, qui sont à prendre comme un échec de la Grande Armée plutôt que comme une véritable victoire autrichienne, n'empêchent pas les forces de François Ier d'être encore écrasées par Napoléon à Wagram, les 5-6 juillet 1809. Celui-ci ne disposait pourtant que de troupes inexpérimentées et étrangères, donc peu fiables...
Après cette énième défaite, à laquelle il a assisté de loin, François est forcé de devenir l'allié de Napoléon. Il doit céder les Provinces Illyriennes à la France, lui fournir une aide militaire en cas de conflit, et faire son possible pour aider à l'aboutissement du blocus continental . Pour sceller l'alliance entre les deux empires, la fille de François Ier, Marie-Louise, devient la seconde impératrice des Français le 2 avril 1810. Le 20 mars 1811, elle donne naissance à celui que l'on ne nomme plus que le Roi de Rome, destiné à succéder à son père, et petit-fils de l'empereur d'Autriche.